主人公たちの仲良しグループは、夏休みの自由研究として自分たちの小学校に伝わる怪談を調べることに。

夜の学校に集まる主人公たちだが、友達の一人が約束の時間になっても来ない。
どうやら一人で学校に入って、そのまま消えてしまったらしい…。

居なくなった友達を捜して、主人公は夜の学校の探検を始める…。