舞台はマサチューセッツ州付近にある神秘的な謎の島、シャドー島。前作までとは時代が変わり、21世紀初頭の物語となる。
エドワード・カーンビー（前作までとは別人）とアリン・セドリックの2人が主人公。
カーンビーの友人で同業者でもあるチャールズ・フリスクがシャドー島の海岸で死体となって見つかる。
カーンビーはフリスクが残した手記から犯人を追い、真相を確かめるべく、女性の人類学教授セドリックと共にセスナ機でシャドー島に向かう。