古いものを奉る葛折町（つづらおりまち）に帰郷した男・百日紅一二三。
一二三が地元に着いたその夜、全身に包帯を巻いた不気味な少女から古びた印籠を渡される。
その日の夜に、印籠から大蛇の九十九神が現れ一二三に襲いかかる。
間一髪のところで一二三は、九十九神が宿る拳銃を操る少女・伏姫に助けだされる。
そして、その日から二人の運命は変化していった。