全く異なる3種類のエンディングに辿り着くということもあり、ゲームのストーリーは謎めいた、解答のない形を取っています。
ストーリーの根幹はトーマスとガブリエルの関係であり、時には妹であり、妻であり、精神科医であり、もしくは娘であり、どのエンディングに辿り着くかで関係が異なります。
トーマスの味方であることもありますが、敵にも成り得ます。
プレイヤーは矛盾する出来事を整理しながら、エンディングから謎を解き明かします。
謎の多いストーリーにした理由は、プレイヤーが悪夢が象徴する感情に集中できるようにという思いからです。