寄生菌の爆発的な感染により人口は激減し、都市は荒廃した。
隔離された街から一歩外に出ると、いたるところで寄生菌に侵された“インフェクテッド（感染者）”たちが蠢（うごめ）いている。
闇市場での取引を生業とするジョエルは、武器を巡るトラブルからエリーという14歳の少女をある場所へ連れて行く仕事を引き受けることになる。
その出会いは、ジョエルとエリーの運命を変える長い旅路につながっていた。
生きるために愛を捨てた男と愛を知らない少女の旅がいま、はじまる。