タイタンステーションの爆破後も、政府は「Marker」の建設を進めた。
今や「Marker」はすさまじい勢いで複製され続け、それを信奉するユニトロジスト達の活動もまた過激さを増していた。
一方、「Marker」の真の恐怖を知る数少ない生存者であるアイザック・クラークは、そんな状況になすすべもなく、衛星タイタンのコロニー「Sprawl」での恐怖の記憶から逃れるように、「New Horizon Luner」コロニーにて自堕落な生活を送っていた。

しかし、そんな彼を突如として軍の関係者を名乗る男たちが襲撃し、エリーが行方不明になっていることを告げる。
次いでコロニーがジェイコブ・ダニックという男の率いるユニトロジスト達の襲撃を受けて壊滅。
アイザックはわけもわからぬまま、ジョン・カーヴァー軍曹が率いる部隊とともにコロニーを脱出し、「Tau Volantis」へと向かう。

エリーの行方は？マーカーは破壊できるのか？200年前の古文書とは？アイザックの悲運な人生はまだ終わらない。