凶悪犯罪者用の刑務所へ移送されることになった、囚人のマーフィー・ペンドルトン。
その途中、移送バスが横転。
大破したバスから投げ出され自由の身となったマーフィーは、引き込まれるようにサイレントヒルへと入っていく。
それが、終わりのない悲劇のはじまりとも知らずに。
陰鬱で不可解な物語に潜む、多くの謎。
進むほどに狂気は加速し、DOWNPOUR(土砂降りの雨)がすべてを奪っていく―――。