前作、「ストーカー ～シャドーオブチェルノブイリ～」の1年前、2011年の物語。
謎のチェルノブイリ原発爆発により、危険地帯と化した「ゾーン」。不安定な大気の中、プレイヤーの周りで見え隠れする「ゾーン」の謎とは…。
なぜ、Strelokはトラック事故死したのか?それ以前のStrelokに何があったのか？他に選択すべき方法はなかったのか？また、不安定なゾーンを元に戻す方法はあるのか？
今、すべての謎が解き明かされる！