1986年に爆発を起こしたチェルノブイリ原子力発電所。この跡地で2006年に再び謎の大爆発が起きる。
この爆発の影響により30k㎡に及ぶ広い範囲が核汚染の被害にあう。

時は経ち2012年。

汚染された跡地一帯は、突然変異によるモンスター達が生息する「ゾーン」と呼ばれる危険地帯と化した。そんなゾーン周辺には生活するためのビジネスが成り立ちはじめる。危険な依頼を請け負いその見返りに多額の報酬を受け取り生計をたてていく「ストーカー」と呼ばれる荒くれ者達がゾーン周辺で暮らし始めていた。
プレイヤーはゾーン内に入ったばかりのストーカーとなって幾多のクエストをこなしながら、大爆発を起こした本当の謎を解き明かしていく！