イギリス上陸作戦に参加した米国陸軍ネイサン・ヘイル軍曹の活躍により、人類は滅亡の危機を回避した。
それから2年後。1953年、キメラは突如アメリカ合衆国への侵入を開始する。
空を覆う戦艦群、大地を踏み砕く歩行戦車、そしてビルをも薙ぎ倒す謎の巨大キメラ……その圧倒的な戦力を前に、人類は絶望する。
そんな中、ネイサン・ヘイルと戦友たち、キメラウイルスによる遺伝子操作で強化された兵士たちによるセンチネルチーム・エコーは、アメリカ本土で決死の戦いを続けていた。
人類を救うために……。