アーマカム社が極秘に開発していたクローン兵士の「レプリカ部隊」。
指揮官のテレパシーで制御される兵士達が、指揮官パクストン・フェッテルの暴走により反乱を起こした。
少数精鋭の特殊部隊「First Encounter Assault Recon」通称『F.E.A.R.』が出動。
1週間前に配属されたばかりの主人公ポイント・マンも現場に駆り出された。

フェッテルの追跡中、時折姿を見せる赤い服を着た少女。
そして、主人公達に襲いかかる裸の女。
彼女達は何者なのか？
フェッテルはなぜ暴走したのか？
「オリジン計画」の真相に迫りながら、物語は進んでゆく。