一人娘のシェリルを連れて、休暇先に出かけた主人公ハリー・メイソン。
夜道に突然、飛び出してきた人影に、過って事故を起こしてしまう。
崖下に転落した車のなかで目覚めたとき、車内に娘の姿はなかった・・・

目の前には深い霧に包まれ、不気味に静まり返った町がある。
娘の身を案じたハリーは、彼女を捜しに霧に閉ざされた町、サイレントヒルへと足を踏み入れてゆく。

それがすべての始まりだったのか、あるいはあらかじめ決まっていたことなのか、彼には知る由もない・・・